[Maximus]

Вы можете еще по крону опрашивать размеры или дату изменения (там где это приемлимо) файлов, и тем же кроном бекапить в случае изменения.

Почему я спрашивал от кого идет запись httacess, если она от юзера, то просто назначьте права и овнера root.