эм...
Я правильно понимаю, что:
1. .htaccess переписывается изредка, в произвольное время
2. всем лениво искать проблему в хостинге, потому что он дремуч, запущен и никому не нужен?
Ну поставьте тогда переписывать .htaccess по крону на нужный - не? Зачем каждый раз админам руками восстанавливать - пусть восстанавливается периодически само, нагрузка от этого мизерная
С правами можно попробовать поиграться, в конце концов. Если нормально нет желания искать проблему - ну столько ж подпорок можно придумать!